Gisingen war zunächst Teil der Bürgermeisterei Ihn, 1858 wurde der Ort der Bürgermeisterei Kerlingen mit Sitz in Ittersdorf zugeordnet. Am 1. April 1936 erfolgte die Eingliederung in das neu geschaffene Amt Wallerfangen. Seit der Gebiets und Verwaltungsreform im Jahre 1974 gehört Gisingen als Ortsteil zur Gemeinde Wallerfangen.